媽祖在宋朝年間出生於福建省興化軍莆田縣湄洲島，出生後不哭不鬧，取名為林默娘。她五歲時能誦《觀音經》，長大後能通悟秘法，可預知福禍，為鄉民驅邪祛病，極受里人愛戴；她經常憑其神通，在海上拯救遇難漁民和商旅，被稱為「神女」或「龍女」。

　有一次暴風雨天，其父兄出海捕魚未歸，林默娘投海救父，不幸罹難，其屍身漂至南竿塘馬祖澳口，村民將之安葬於現天后宮，靈穴就在神龕前方數步之遙（右圖），供信徒膜拜。

　天后宮歷次整建，若有意改變靈穴，都會發生靈異現象。民國52年，國軍辦理伙食時不慎失火，廟體受損而進行改建，工兵在靈穴的所在地舖設地磚，隔天地磚竟全部破碎。民國91年改建，打算暫時遷移靈穴，但鑽地的地鑽卻怎麼換怎麼斷，只好作罷。後來新廟完工前，廟方想為靈穴上的鳳紋石板塗上油彩，但卻無法上色，經擲筊請示，才知道媽祖娘娘希望保持原樣、原色。